Les écologistes utilisent le terme «biome» pour décrire la collection de plantes et d’animaux qui vivent dans un environnement particulier. Ainsi, il existe divers biomes terrestres et aquatiques (prairies tempérées ou récifs coralliens tropicaux, par exemple) qui se caractérisent par certaines conditions climatiques et collections d’organismes.
Lorsque le microbiote est utilisé dans ce sens, il fait référence à l’écosystème composé de microbes à l’intérieur et sur le corps humain – c’est-à-dire la collection de micro-organismes qui vivent dans «l’habitat» humain.

Votre Microbiote

Le corps humain contient des milliards de micro-organismes, dont des bactéries, des champignons et des virus.
La communauté des micro-organismes vivant en association intime avec notre corps et les gènes qu’ils contiennent constituent le microbiote humain.
La collection de micro-organismes qui vivent dans et sur nos corps n’est pas dûe au hasard. Notre microbiote a co-évolué avec les humains au cours de millions d’années et joue de nombreux rôles essentiels.

Les signaux du Microbiote

Même si votre microbiote intestinal semble très éloigné des autres parties du corps, les bactéries produisent des molécules de signalisation pour communiquer, comme par exemple des neurotransmetteurs qui peuvent affecter le développement et le comportement du cerveau.

Où sont les Microbiotes ?

Partout où le corps humain est exposé au monde extérieur, il existe une communauté microbienne.
Les micro-organismes vivent sur toute la surface de notre peau et sur la muqueuse de nos voies nasales, de nos poumons, de notre système digestif et de nos voies urogénitales.

Quelle est sa proportion ?

Le corps humain ne compte en réalité qu’environ 25% de cellules humaines, avec plusieurs milliers d’espèces de bactéries et d’autres micro-organismes.

Quel rôle ?

Le microbiote intestinal agit comme une usine très efficace. Nos bactéries intestinales non seulement extraient l’énergie et les nutriments des aliments que nous mangeons, mais elles fabriquent également des molécules et des vitamines essentielles que nous ne pouvons pas fabriquer pour nous-mêmes.

Le saviez-vous ?

Notre corps contient 37 000 milliards de cellules humaines – mais 100 000 milliards de bactéries !
C’est 100 000 000 000 000 !
Cela peut sembler effrayant, mais toutes les bactéries ne nous rendent pas malades. En fait, la grande majorité des bactéries qui vivent dans et sur notre corps jouent un rôle essentiel dans de nombreux processus tels que la digestion, la protection contre les agents pathogènes…

D'où vient notre microbiote ?

La constitution de notre microbiote débute à la naissance, par une colonisation microbienne liée aux premiers contacts avec notre environnement.
L’accouchement par voie basse et l’allaitement favorisent une plus grande diversité du microbiote du fait de la transmission de micro-organismes venant de notre mère.

Importance du microbiote

Pour maintenir un corps sain, il est important de maintenir un équilibre entre les bactéries bénéfiques et les bactéries nocives dans l’intestin. Bien que les bactéries soient le micro-organisme symbiotique majoritaire dans notre corps, il est important de noter que les virus, les archées et les champignons existent également. 95% d’entre eux se trouvent dans le système digestif et le reste est distribué dans le système respiratoire, les organes reproducteurs, la cavité buccale et la peau. Le microbiote retient l’attention du public, car la recherche a montré diverses corrélations entre la présence de micro-organismes et la santé.

Facteurs affectant la composition
du microbiote intestinal

En savoir plus sur le Microbiote

Quelle est la taille du microbiote ?
Où se trouve le microbiote et que fait-il ?
Quelle est la relation entre le microbiote, la santé et la maladie ?
Comment prendre soin de mes microbiotes ?

Nombre d’organismes

Le microbiote comprend environ 100 000 milliards de bactéries.

Des estimations récentes suggèrent que le corps humain est composé d’environ 37 000 milliards de cellules. Ainsi, le corps humain contient environ 3 fois plus de bactéries que de cellules humaines. Mais le microbiote comprend plus que des bactéries. N’oubliez pas qu’il comprend également des virus, des champignons et des eucaryotes unicellulaires.

Il est généralement admis que les virus sont plus nombreux que les bactéries, peut-être jusqu’à 5 pour 1. En revanche, on pense qu’il y a environ 10 fois moins de champignons que de bactéries. Tous ces chiffres sont des estimations et, parce que le microbiote est une communauté dynamique, ces chiffres peuvent évoluer en fonction des circonstances.

Cependant, quelle que soit la mesure, le microbiote est très grand !

La diversité des espèces

Le microbiote est diversifié – un microbiote normal comprend environ un millier d’espèces différentes.
Les scientifiques estiment qu’il existe au moins un million d’espèces de bactéries dans le monde et probablement beaucoup plus.

De cette vaste diversité, seule une infime fraction est adaptée pour vivre dans et sur notre organisme. Ainsi, alors que le microbiote humain comprend plusieurs centaines d’espèces de bactéries, celles-ci ne représentent qu’un petit sous-ensemble de tous les différents types de micro-organismes sur Terre.

Diversité génétique

Le génome humain – l’ensemble complet du patrimoine génétique que chaque bébé hérite de ses parents – comprend environ 20 000 gènes. Les génomes collectifs de toutes les bactéries, champignons et virus incluent jusqu’à 8 000 000 de gènes dans le microbiote d’une personne. Ainsi, pour chaque gène humain, il existe jusqu’à 300 gènes non humains. Si vous considérez chaque gène comme un ensemble d’instructions pour produire une protéine qui peut accomplir une tâche particulière, cela signifie que le microbiote fournit à chacun de nous un énorme réservoir de capacité génétique qui n’a pas été codé par le génome humain lui-même.

Partout où le corps humain est exposé au monde extérieur, il existe une communauté microbienne. Cela signifie que toute la surface de la peau et les parois des voies nasales, des poumons, des voies digestives et urogénitales abritent toutes des communautés microbiennes.

INTESTIN

L’intestin est le site le mieux étudié dans le microbiote humain et il contient la communauté microbienne la plus grande, la plus dense et la plus diversifiée du corps humain. En fait, la communauté microbienne du gros intestin humain, jusqu’à 100 à 1000 milliards de cellules par millilitre, fait partie des écosystèmes microbiens les plus denses jamais observés. Le microbiote intestinal agit comme une usine très efficace, aidant à extraire l’énergie et les nutriments des aliments que nous mangeons. Comme les communautés microbiennes ailleurs sur le corps, le microbiote intestinal protège contre les agents pathogènes et est en communication constante avec le système immunitaire.

Le microbiote intestinal est également important en raison des nombreuses réactions chimiques qui peuvent être effectuées par les micro-organismes. Les composés que les humains ne peuvent pas digérer seuls peuvent être décomposés par les micro-organismes. Evolutivement, ces capacités ont permis aux humains de bénéficier d’une plus grande variété de denrées alimentaires.

Le microbiote intestinal a des effets complexes sur le métabolisme humain et des changements dans sa composition ont été liés à un certain nombre de maladies, notamment les maladies inflammatoires de l’intestin, les troubles auto-immunes et même le diabète et l’obésité. De nombreux mécanismes spécifiques ont été mis en évidence sur des modèles animaux, mais on ne sait pas encore lesquels sont les plus importants chez l’homme. Ce qui est certain, c’est que les micro-organismes de l’intestin sont métaboliquement actifs et que de nombreux composés chimiques qu’ils sécrètent – appelés métabolites – passent la paroi intestinale, puis dans la circulation sanguine et circulent dans tout le corps. Ainsi, le microbiote intestinal pourrait affecter le sommeil, l’humeur et d’autres comportements.

Encore une fois, la science est encore jeune, mais il est clair que le microbiote a de nombreux effets systémiques.

Suggérer que le diabète ou l’obésité pourraient être expliqués simplement par la composition du microbiote est trompeur. Il existe des études qui montrent une corrélation entre certains mélanges de bactéries et certains états pathologiques, toutefois les preuves qu’une communauté microbienne particulière cause une maladie sont encore limitées.

Ce qui est clair, cependant, c’est que le microbiote est probablement un facteur important dans de nombreuses maladies, un facteur qui a été négligé dans le passé. Une meilleure compréhension du microbiote approfondira notre perception de la santé humaine et contribuera probablement à de nouveaux types de traitements et à des moyens plus efficaces d’utiliser les traitements traditionnels.

Certaines maladies peuvent résulter d’une perturbation de la «communauté» microbienne qui compose le microbiote. Les symptômes ne sont en fait pas causés par un micro-organisme particulier, mais par des proportions modifiées de différents constituants ou des modifications de ces constituants en condition de stress. Par exemple, l’inconfort que de nombreuses personnes éprouvent après avoir pris des antibiotiques à large spectre est le résultat d’une perturbation de la communauté microbienne dans l’intestin, ce qui entraîne une inflammation gastro-intestinale et une diarrhée.

Le microbiote intestinal n’est pas le seul à jouer un rôle dans la maladie et la santé. Les microbiotes de la bouche, de la peau, du vagin, des poumons et de l’estomac sont également modifiés en situation pathologique. Les micro-organismes jouent un rôle actif dans l’équilibre dynamique entre la santé et la maladie. Dans la majorité des cas, les mécanismes sous-jacents par lesquels le microbiote affecte la santé n’ont pas encore été déterminés, mais des corrélations existent. Des recherches, sur des organismes modèles comme les souris, sont en cours afin de mieux comprendre exactement ce qui se passe.

Nous savons avec certitude que l’alimentation peut affecter le microbiote de deux manières.

Tout d’abord, tout comme nous disons qu’une femme enceinte mange pour deux, il est absolument vrai que vous mangez pour vous-même et des milliards de micro-organismes. Les aliments que vous consommez nourrissent également vos micro-organismes. Certains aliments encouragent la croissance de micro-organismes associés à une bonne santé – ces aliments contiennent certains composés, comme des glucides spécifiques, qui «nourrissent» les bonnes bactéries. Ces composés sont appelés «prébiotiques». Ainsi, l’une des façons dont une alimentation riche en fibres, en fruits et en légumes contribue à une bonne santé est qu’elle encourage un microbiote sain.

Deuxièmement, la consommation de certaines bactéries peut modifier votre microbiote gastro-intestinal. Les aliments fermentés comme le yogourt, le fromage et la choucroute contiennent en fait des bactéries similaires à celles trouvées dans votre tube digestif. Il existe également des compléments alimentaires composés uniquement de bonnes bactéries, appelés «probiotiques».

À mesure que les scientifiques et les médecins en apprendront davantage sur le microbiote, les activités des pré- et probiotiques seront mieux comprises et il sera possible d’appliquer des normes plus rigoureuses. Ensuite, il sera possible de donner au public de meilleures orientations sur la meilleure façon de prendre soin de leurs microbiotes. L’étude du microbiote humain est un domaine scientifique qui progresse rapidement et de nouvelles découvertes passionnantes émergent constamment. Vous pouvez être sûr que vous entendrez de plus en plus parler de tous ces micro-organismes essentiels qui composent votre microbiote.

  • *Source: Ann Reid, Shannon Greene. 2014. Faq: human microbiome. American Academy of Microbiology
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